東京の日米協会は、全国日米協会連合会の事務局も兼ねています。
　現在連合会に加盟している協会は全国に29ヵ所あります。事務局では、地域レベルでの日米交流を促進するため、各地の日米協会と連絡をとりながら、それぞれのニーズに合ったプログラムの相談に応じています。
　また、アメリカの全米日米協会連合の事務局と協力してアメリカ各地の日米協会とのネットワーク作りも行っています。