東京の日米協会は、全国日米協会連合会の事務局も兼ねています。
　現在連合会に加盟している協会は全国に30ヵ所（平成22年１月現在）あります。事務局では、地域レベルでの日米交流を促進するため、各地の日米協会と連絡をとりながら、それぞれのニーズに合ったプログラムの相談に応じています。
　また、アメリカの全米日米協会連合の事務局と協力してアメリカ各地の日米協会とのネットワーク作りも行っています。

2010年には8月6日（金）-8日（日）の3日間秋田市において国際教養大学を会場に第７回日米協会国際シンポジウムを開催しました。